La hepatitis C es una enfermedad del hígado causada por infección con el virus hepatitis C (HCV), que se encuentra en la sangre de las personas que tienen esta enfermedad. Un 15% de los pacientes con infección aguda, no presentan alteraciones de las enzimas hepáticas, ni ARN perceptible del HCV y sin síntomas clínicos. Y los pacientes con infección crónica pueden desarrollar cirrosis (cicatrices) del hígado y carcinoma hepatocelular o falla hepática, La mayoría de las personas que tienen hepatitis C son portadoras del virus por el resto de sus vidas y presentan daño hepático, pero sin evidencias de enfermedad, sin embargo otras personas con daño hepático por HCV pueden enfermarse a largo plazo o no enfermarse nunca.
El HCV es un virus ARN, filamentoso de 9,5 KB, clasificado como género separado en la familia Flaviviridae. Una alta frecuencia espontánea de mutación ha producido un grupo extremadamente heterogéneo de subtipos clínico relevantes. Los estudios de genotipaje han conducido a la identificación de 6 tipos comunes de HCV y de muchos más subtipos dependiendo del sistema de clasificación. Algunos estudios han podido correlacionar estos tipos con clínica, se sabe que el genotipo 1b es el peor respondedor con un nivel de viremia muy alto y enfermedad hepática más severa o a la hepatitis crónica, mientras que 2a, 2b y 3a tienen un mejor pronóstico. Los estudios recientes han documentado la utilidad de identificar infecciones del tipo 2 y 3 puesto que esos pacientes pueden ser tratados con regímenes terapéuticos más cortos comparados a la infección con otros tipos de HCV. Además de determinar pronóstico de la enfermedad y la probabilidad de la respuesta terapéutica, el genotipaje los HCV servirían de gran utilidad para identificar la fuente de la infección, particularmente para los subtipos geográficamente distintos.
