El cromosoma Philadelphia es la primera anomalía citogenética asociada a una hemopatía maligna, como la leucemia mieloide crónica (LMC), este cromosoma es un cromosoma híbrido producido por una translocación entre el gen BCR del cromosoma 22 y el gen ABL del cromosoma 9, conocida como translocación t (9; 22). Esta fusión del gen BCR/ABL da lugar a la formación de dos proteínas quiméricas llamadas respectivamente proteína 120 (p120) y proteína 190 (p190), las cuales incrementan de forma importante la actividad de la enzima tirosina quinasa del gen ABL que se considera el mecanismo central en la patogenia de la LMC. Aunque el gen BCR/ABL se considera un marcador de LMC, en el 95% de los casos con LMC presentan la t(9;22), no es exclusivo de esta entidad. Existen otros desórdenes hematológicos asociados a este gen como la Leucemia Linfoide Aguda (LLA) (25% de los casos adultos y 5% en pediátricos) y la Leucemia Mieloide Aguda (1 % de los casos) y en algunos síndromes aislados mielodisplásicos en su forma aguda, se ha podido detectar la presencia del gen BCR/ABL asociado a proteínas p210 o p190 .
La detección de estos intercambios de material cromosómico puede realizarse por los métodos de cariotipaje tradicionales, sin embargo, existe un 5% de los casos de LMC en los cuales estos intercambios permanecen ocultos; además existen células como por ej.: los metamielocitos y los neutrófilos que son resistentes a la división celular y en consecuencia al cariotipaje. En estos casos el diagnóstico molecular es una herramienta que nos permite detectar la alteración cuando el porcentaje de las células neoplásicas es bajo (Ej. Fase crónica), a su vez permite el diagnóstico diferencial entre LMC y reacción leucémica mieloide. También nos sirve para evaluación post-trasplante de médula ósea y el seguimiento terapéutico.